A causa delle cicliche inondazioni, il sito s’interrò completamente e se ne perse memoria finché, dopo l’unità d’Italia, durante i lavori di realizzazione dei muraglioni del Tevere, vennero alla luce le banchine e le varie strutture di ancoraggio e stoccaggio delle merci. Dopo decenni di scavi e restauri, nei primi anni del 2000, si aprì il sito al pubblico ma una piena del fiume lo rese nuovamente inagibile.
Per risolvere il problema, l’Associazione Roma sotterranea, su incarico della SSBAR, si sta occupando dello scavo, dello studio e del ripristino dell’antico sistema di smaltimento delle acque posto al di sotto della pavimentazione del criptoportico, in modo da rendere fruibile il sito anche dopo le eventuali inondazioni del Tevere. Il condotto principale "a cappuccina" e tutte le sue diramazioni, risultano interamente occluse da strati di fango, limo e materiali di riporto sia ceramici che litici; lo studio dei vari strati e dei reperti fornirà inoltre nuove informazioni sulla storia degli ambienti superiori e sulle varie fasi di utilizzo del sito.