Costruita tra il 1564 ed il 1566 su progetto di Annibale Lippi, Villa Medici venne edificata come ampliamento di una costruzione preesistente, chiamata casa Crescenzi, dal cardinale Giovanni Ricci da Montepulciano. A quest’ultimo dobbiamo la sistemazione del giardino all’italiana
Nel 1576, alla morte del Cardinale, la proprietà venne acquisita dal Cardinale Ferdinando de Medici che incaricò Bartolomeo Ammannati di ampliare l’edificio: il corpo centrale fu sopraelevato di un piano e la facciata fu risistemata, il giardino fu esteso fino a Porta Pinciana. La Villa conobbe in questo periodo il suo più alto splendore, iniziando a decadere quando Ferdinando divenne Granduca di Toscana. Egli scelse questa villa come residenza ufficiale a Roma dei suoi ambasciatori.
Con l'estinzione di questo ramo della famiglia Medici la villa divenne proprietà dei regnanti di Toscana e attraverso questi passò a Napoleone Bonaparte.
Nel 1803, sotto il dominio francese, Napoleone prese possesso dell'edificio e vi trasferì l'Accademia di Francia; ancora oggi Villa Medici appartiene ufficialmente allo stato francese e continua ad essere la sede di questa prestigiosa istituzione.
L’accesso alla fitta e vastissima rete di cunicoli sotterranei, posti su due livelli, è ubicato nei locali sottostanti il “Bosco” e si estende dalla Villa fino al Muro Torto e alla Casina Valadier. La scala di accesso, con gradoni molto ampi, è del periodo cinquecentesco.